ป่าพรุสิรินธรเป็นส่วนหนึ่งของป่าพรุโต๊ะแดง ป่าพรุแห่งสุดท้ายของประเทศไทย ซึ่งคลุมพื้นที่ของ 3 อำเภอ คือ อำเภอตากใบ อำเภอสุไหงโกลก และอำเภอสุไหงปาดี มีพื้นที่ประมาณ 120,000 ไร่ แต่ส่วนที่สมบูรณ์โดยประมาณมีเพียง 50,000 ไร่ เป็นป่าที่ยังคงความอุดมสมบูรณ์ด้วยสัตว์ป่าและ พรรณไม้ พื้นที่ป่าพรุมีลำน้ำสำคัญหลายสายไหลผ่าน คือ คลองสุไหงปาดี แม่น้ำบางนรา และคลองโต๊ะแดง อันเป็นที่มาของชื่อป่าภายในศูนย์ฯ ได้จัดให้มีทางเดินป่าศึกษาธรรมชาติ เพื่อประชาสัมพันธ์ความรู้ด้านต่างๆ ที่เกี่ยวกับธรรมชาติของป่าพรุ เริ่มที่บึงน้ำด้านหลังอาคารศูนย์วิจัยและศึกษาธรรมชาติป่าพรุสิรินธรเป็นสะพานไม้ต่อลัดเลาะเข้าไปในป่าพรุ ระยะทาง 1,200 เมตร บางช่วงเป็นสะพานไม้ร้อยลวดสลิง บางช่วงเป็นหอสูงสำหรับมองทิวทัศน์เบื้องล่างที่ชอุ่มไปด้วยไม้นานาพรรณในป่าพรุ จะมีป้ายชื่อต้นไม้ที่น่าสนใจ และซุ้มความรู้อยู่เป็นจุดๆ สำหรับให้ความรู้แก่ผู้เดินชมด้วย เปิดทุกวันเวลา 8.00 16.00 น. ไม่เสียค่าเข้าชม และยังมีห้องจัดนิทรรศการให้ความรู้แก่คนที่มาเที่ยวชมอีกด้วย ป่าพรุ หรือ peat swamp forest เกิดขึ้นจากแอ่งน้ำจืดขังติดต่อกันชั่วนาตาปี และมีการสะสมของชั้นดินอินทรียวัตถุ ก็คือซากพืช ซากต้นไม้ ใบไม้ จนย่อยสลายอย่างช้าๆ กลายเป็นดินพีท (peat) หรือดินอินทรีย์ที่มีลักษณะหยุ่นยวบเหมือนฟองน้ำมีความหนาแน่นน้อยอุ้มน้ำได้มาก และพบว่ามีการสะสมระหว่างดินพีท กับดินตะกอนทะเล สลับชั้นกัน 2 3 ชั้น เนื่องจากน้ำทะเลเคยมีระดับสูงขึ้นจนท่วมป่าพรุ เกิดการสะสมของตะกอน น้ำทะเลถูกขังอยู่ด้านใน พันธุ์ไม้ในป่าพรุตายไปและเกิดป่าชายเลนขึ้นแทนที่ เมื่อระดับน้ำทะเลลดลงและมีฝนตกลงมาสะสมน้ำที่ขังอยู่จึงจืดลง และเกิดป่าพรุขึ้นอีกครั้ง ดินพรุชั้นล่างมีอายุถึง 6,000 7,000 ปี ส่วนดินพรุชั้นบนอยู่ระหว่าง 700 1,000 ปี ความน่าสนใจของป่าพรุไม่ใช่เพียงแต่ พรรณไม้แปลกๆ สัตว์ป่าหายาก แต่คนที่ไปเที่ยวโดยเฉพาะเด็กๆจะได้ประสบการณ์ชีวิตกลับไปมากมาย จากธรรมชาติรอบตัว บางทีหากเดินชมธรรมชาติเงียบๆอาจจะได้พบสัตว์ป่ากำลังหาอาหารอยู่ก็เป็นได้ เส้นทางนี้นำเราเข้าไปหาธรรมชาติอย่างใกล้ชิดแต่ก็ไม่ได้นำเราเข้าไปล่วงเกินธรรมชาติมากนัก หากนำคู่มือดูนก สมุดบันทึก ดินสอสี กล้องส่องตา กล้องถ่ายรูป และยาทากันยุงไปด้วย อาจจะเพลิดเพลินจนใช้เวลาในนี้ได้ทั้งวัน อากาศสดชื่นเย็นสบายในป่าพรุก็ยังทำให้คนที่เข้าไปเยือนรู้สึกสดชื่นประทับใจ แต่ช่วงเวลาที่มาท่องเที่ยวได้สะดวกคือ มกราคม เมษายน เพราะฝนจะตกน้อยที่สุด เนื่องจากป่าพรุมีภูมิอากาศแบบคาบสมุทร ฉะนั้นจึงมีฝนตกชุกตลอดปี