องค์ ผู้ค้นพบได้แก่ชนเผ่าญ้อ ซึ่งหนีภัยสมครามการรบพุ่ง ระหว่างอาณาจักรล้านช้างเวียงจันทน์กับพม่าและอาณาจักรเชียงใหม่ในสมัยพระเจ้าไชยเชษฐา เมื่อ พ.ศ. 2112 ได้พร้อมกันบูรณะครั้งแรกและให้นามว่า พระธาตุประสิทธิ์ ในปี พ.ศ. 2283 เจ้าผู้ครองนครศรีโคตรบูร ได้บูรณะเสริมยอดสูงประมาณ 30 เมตร พ.ศ. 2436 พระเจดีย์ชำรุดทรุดโทรมมาก จนยอดเจดีย์หักลงมาท่านพระประสิทธิ์ศึกษาธิการ เจ้าอาวาสในขณะนั้นได้บูรณะซ่อมแซมพระเจดีย์ได้สวยงามยิ่งขึ้น