"จัดตั้งขึ้นในปีพ.ศ. 2529โดยได้รับงบประมาณช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่น เพื่อเฉลิมพระเกียรติในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 60 พรรษา และเพื่อเป็นที่ระลึกเนื่องในโอกาสครบรอบ 100 ปีแห่งความสัมพันธ์ไทย ญี่ปุ่น ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาเป็นทั้งสถาบันวิจัยพิพิธภัณฑ์เกี่ยวกับกรุงศรีอยุธยา เป็นศูนย์ข้อมูล และห้องสมุดประวัติศาสตร์ มีอาคารจัดแสดง 2 แห่งคือ ที่ศูนย์ฯ แห่งนี้ และส่วนผนวกตั้งขึ้นใหม่อยู่บริเวณหมู่บ้านญี่ปุ่น ริมแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันออก ใต้วัดพนัญเชิง ใน ต. เกาะเรียน ภายในศูนย์ฯ มีการจัดแสดงนิทรรศการถาวร โดยนำจุดเด่นของกรุงศรีอยุธยาในด้านต่างๆ มานำเสนอด้วยเทคโนโลยีทันสมัยและน่าสนใจ เช่น ใช้แผนผัง แผนภาพ แผนที่ และแบบจำลอง รวมทั้งใช้เสียงและภาพเคลื่อนไหว ง่ายในการทำความเข้าใจพัฒนาการของกรุงศรีอยุธยาในด้านต่างๆ นับจากอดีตจนถึงปัจจุบัน สามารถเห็นภาพรวมของกรุงศรีอยุธยาในสมัยเป็นราชธานีได้ในเวลาอันสั้น อีกทั้งเข้าใจชีวิตของชาวอยุธยาในอดีตได้ง่าย จึงเหมาะที่จะเป็นจุดตั้งต้นในการท่องเที่ยวเรียนรู้อดีตราชธานีกรุงศรีอยุธยา เพราะจะทำให้การเที่ยวชมในสถานที่จริงสนุกและได้อรรถรสยิ่งขึ้น ที่น่าสนใจคือจะได้เห็นแบบจำลองของพระบรมมหาราชวัง อันประกอบด้วยอาคารต่างๆ แสดงให้เห็นสภาพบูรณ์ของพระราชวังก่อนจะถูกทำลาย แผนที่แสดงเส้นทางการค้าทางทะเลระหว่างอยุธยากับบรรดาประเทศต่างๆ แบบจำลองภายในวิหารพระศรีสรรเพชญ์ เรือสำเภาจำลอง รวมไปถึงการจำลองสภาพหมู่บ้านชุมชนริมน้ำและวิถีชีวิตผู้คนให้ชมอีกด้วย การจัดแสดงภายในศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยามีทั้งสิ้น 4 หัวข้อ คือ อยุธยาในฐานะเมืองราชธานี, ในฐานะเมืองท่า, ในฐานะศูนย์กลางอำนาจทางการเมืองและการปกครอง และชีวิตชุมชนชาวบ้านไทยในสมัยอดีต อีกทั้งคำอธิบายยังมีทั้งภาษาไทย ภาษาอังกฤษและภาษาญี่ปุ่น ส่วนอีกหัวข้อหนึ่งคือ ความสัมพันธ์ระหว่างอยุธยากับต่างประเทศนั้น ได้ จัดแสดงที่บริเวณหมู่บ้านญี่ปุ่น ริมแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันออกในตำบลเกาะเรียน จุดเด่นของกรุงศรีอยุธยาที่มานำเสนอมี 5 ส่วน คือ อยุธยาในฐานะเมืองราชธานี ในฐานะเมืองท่า ในฐานะศูนย์กลางอำนาจทางการเมืองและการปกครอง ชีวิตชาวบ้านในสมัยก่อน และความสัมพันธ์ระหว่างอยุธยากับต่างประเทศ ที่น่าสนใจคือจะได้เห็นแบบจำลองของพระราชวังโบราณ อันประกอบด้วยอาคารต่างๆ แสดงให้เห็นสภาพบูรณ์ของพระราชวังก่อนจะถูกทำลาย แผนที่แสดงเส้นทางการค้าทางทะเลระหว่างอยุธยากับบรรดาประเทศต่างๆ แบบจำลองภายในวิหารพระศรีสรรเพชญ์ เรือสำเภาจำลอง รวมไปถึงการจำลองสภาพหมู่บ้านชุมชนริมน้ำและวิถีชีวิตให้ชมอีกด้วย"