วัดนี้มีประวัติความเป็นมาตั้งแต่ครั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกษฐ์ได้ทรงเสด็จทางชลมารคมาตามลำน้ำเจ้าพระยาผ่านจังหวัดนนทบุรีเรื่อยมาทางคลอง “ลัด” ในปัจจุบันเรียกว่า “ คลองบางกรวย” พระองค์ทรงเห็นว่า ที่ตรงนี้น่าจะมีการสร้างวัดขึ้นมาสักวัดหนึ่ง แต่เนื่องจากบริเวณนั้นในอดีตเคยมีเรือสำเภาจากเมืองจีนล่มและจมลง มีลูกเรือล้มตายมาก มีความเชื่อว่าเป็นที่อาถรรพ์ ในระหว่างการก่อสร้างก็มีอุปสรรคนานัปการ จึงทรงเสี่ยงสัตยาธิษฐานกับเทพยดาและมีพระสุบินนิมิตไปว่า ชายจีนชรามากราบทูลว่า ต้องสร้างโบสถ์เป็นรูปเรือสำเภาเพื่อการแก้เคล็ด จึงทรงสร้างโบสถ์เป็นรูปเรือสำเภา พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกษฐ์ได้ทรงพระราชทานนามวัดดังกล่าวว่า” วัดชลอ” วัดชลอถูกปล่อยให้รกร้างว่างเปล่ามาโดยตลอดเพิ่งจะมีพระภิกษุมาจำพรรษาในรัชกาลที่ 3 หรือ รัชกาลที่ 4 สิ่งที่น่าชมในวัดนี้คือ โบสถ์เรือหงส์ใหญ่ที่สุดในโลก เริ่มก่อสร้างในปีพ.ศ. 2526 โดยหลวงพ่อวัดชลอหรือท่านพระครูนนทปัญญาวิมล ได้เล่าถึงนิมิตรเห็นเรือหงส์ลอยมาอยู่หน้าโบสถ์หลังเก่า (โบสถ์ที่มีลักษณะเหมือนเรือสำเภา) จึงได้เริ่มลงมือก่อสร้าง