พระปรางค์สามยอด ตั้งอยู่บนเนินดินด้านตะวันตกของทางรถไฟ มีลักษณะเป็นปรางค์เรียงต่อกัน 3 องค์ มีฉนวนทางเดินเชื่อมติดต่อกัน พระปรางค์สามยอดเป็นศิลปะเขมรแบบบายน ซึ่งมีอายุราวพุทธศตวรรษที่ 18 ซึ่งสร้างด้วยศิลาแลง และตกแต่งลวดลายปูนปั้นที่สวยงาม เสาประดับกรอบประตูแกะสลักเป็นรูปฤาษีนั่งชันเข่าในซุ้มเรือนแก้ว ซึ่งเป็นแบบเฉพาะของเสาประดับกรอบประตูศิลปะเขมรแบบบายน ปรางค์องค์กลางมีฐาน แต่เดิมเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปแ ละมีเพดานไม้เขียนลวดลายเป็นดอกจันสีแดง ด้านหน้าทางทิศตะวันออก มีวิหารสร้างขึ้นในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ประดิษฐานพระพุทธรูปศิลาขนาดใหญ่ปางสมาธิที่สมบูรณ์ดี เป็นศิลปะแบบสมัยอยุธยาตอนต้น อายุราวพุทธศตวรรษที่ 20 แต่เดิมปรางค์สามยอดนี้คงเป็นเทวสถานของขอมในพุทธศาสนาลัทธิมหายาน ต่อมาได้ดัดแปลงเป็นเทวสถาน โดยมีฐานศิวลึงค์ปรากฏอยู่ในองค์ปรางค์ทั้งสามปรางค์ จนกระทั่งถึงรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ฯ จึงได้บูรณะปฏิสังขรณ์พระปรางค์สามยอดเป็นวัดในพุทธศาสนา แล้วสร้างพระวิหารก่อด้วยอิฐ ลักษณะสถาปัตยกรรมแบบอยุธยาผสมแบบยุโรปในส่วนของประตูและหน้าต่าง ภายในวิหารประดิษฐานพุทธรูปหินทรายปางมารวิชัย ศิลปะอยุธยาตอนต้น ปัจจุบันยังคงประดิษฐานอยู่กลางแจ้ง