วัดโบสถ์เป็นวัดเก่าแก่ที่มีมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ต่อมากลายเป็นวัดร้าง จนถึง พ.ศ. ๒๔๑๖ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ จึงมีพระภิกษุ ๓ รูป คือ พระอาจารย์คง พระอาจารย์แผน และพระอาจารย์ต่าย แห่งวัดประยูรวงศาวาส ได้มาถากถางปลูกเป็นกระท่อมผักอยู่ที่วัดโบสถ์นี้ ต่อมาชาวบ้านที่อยู่ใกล้วัด มีขุนจ่าเมือง (นิล) และอุบาสกคำ เป็นหัวหน้าช่วยกันสร้างกุฏิและศาลาให้เป็นที่พำนักอาศัย โดยมีพระอาจารย์คง ปกครองวัดอยู่ได้นาน ๔ ปี จึงลาสิขา พระฉ่ำซึ่งเป็นศิษย์พระอาจารย์คง จึงได้ปกครองวัดต่อมา และขุนจ่าเมืองอินทร์เป็นหัวหน้าบำรุงอุปถัมภ์วัดให้เจริญในด้านการก่อสร้างขึ้นมาระยะหนึ่ง เมื่อพระอาจารย์ฉ่ำมรณภาพ พระอาจารย์เอม ได้ซ่อมแซมเสนาสนะหลายอยาง เช่น กุฏิ ศาลา และอุโบสถ โดยมีพระศักดิ์บุรีนทร์เป็นหัวหน้าในการสร้างพระอุโบสถด้วย วัดโบสถ์เดิมเป็นวัดมหานิกาย ภายหลังเปลี่ยนเป็นวัดธรรมยุต เพราะมีพระสงฆ์วัดโบสถ์ไปเปลี่ยนแปลงเป็นวัดธรรมยุต ที่วัดบวรนิเวศวิหาร. กรุงเทพฯ และได้ศึกษาพระธรรมวินัย กับสมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมหมื่นวชิรญาณวโรรส จนโปรดและทรงจัดให้พระครูสังฆบิบาล (อิน) นำคณะสงฆ์วัดบวรนิเวศวิหาร อีก ๒ รูป มาอยู่วัดโบสถ์ คือ พระสมุห์ยิ้ม และพระห่วง พร้อมด้วยพระวัดโบสถ์ที่มาศึกษาอีก ๔ รูป คือ พระลม พระศิษ พระเฟื่อง และพระลา เป็นพระธรรมยุตมาอยู่วัดโบสถ์ เมื่อ ปีวอก พ.ศ. ๒๔๓๘