มัสยิดกรือเซะเป็นมัสยิดประจำเมืองในอดีต สร้างขึ้นในรัชสมัยของสุลต่านมูซัฟฟาร์ ชาห์ เป็นเจ้าเมืองปัตตานี (พ.ศ.2073 2107) เป็นมัสยิดเก่าแก่อายุกว่า 200 ปี มัสยิดสร้างด้วยอิฐ เสาทรงกลม ประตูรูปโค้งแหลม แบบโกธิคของชาวยุโรป และแบบสถาปัตยกรรมของชาวตะวันออกกลาง รูปลักษณะเป็นอาคารก่ออิฐถือปูน สาทรงกลมเลียนรูปลักษณะแบบเสาโกธิคของยุโรป ช่องประตู หน้าต่างมีทั้งแบบโค้งแหลม และโค้งมนแบบโกธิค โดมและหลังคายังก่อสร้างไม่เสร็จ อิฐที่ใช้ก่อมีรูปลักษณะเป็นอิฐสมัยอยุธยา ตรงฐานมัสยิดมีอิฐรูปแบบคล้ายอิฐสมัยทวารวดีปะปนอยู่บ้าง ผู้ออกแบบสร้างมัสยิดคือ ซัยคซอฟียุดดีน อัลอิมาส อูลามะ แห่งปอเนาะกรือเซะ ปัจจุบัน กรมศิลปากรได้ประกาศขึันเป็นทะเบียนโบราณสถาน เมื่อปี พ.ศ.2478 และทำการบูรณะซ่อมแซมเมื่อปี พ.ศ.2500, 2525 และ 2547 ตามลำดับ ทั้งนี้เพื่อให้มัสยิดกรือเซะ คงสถาพเป็นโบราณสถานที่สำคัญทางประวัติศาสตร์ของเมืองปัตตานี และใช้เป็นที่ปฏิบัติศาสนกิจต่อไป