ธารโบกขรณี อยู่บริเวณที่ทำการอุทยานฯ เดิมชื่อ ธารอโศก เพราะมีต้นอโศกขึ้นอยู่ริมธาร สภาพทั่วไปเป็นธารน้ำธรรมชาติไหลลงมายังแอ่งน้ำน้อยใหญ่ซึ่งอยู่ต่างระดับกัน รายรอบด้วยป่าไม้ร่มรื่น ด้านเหนือของธารโบกขรณี มีมณฑปพระพุทธบาทจำลองที่แกะสลักจากไม้ ประดิษฐานอยู่ใกล้กับศาลาบูชาเจ้าพ่อโต๊ะยวน โต๊ะช่อง