เป็นพิพิธภัณฑ์ที่เกิดจากการที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงมีพระราชดำริให้ส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเข้าไปดำเนินการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง เพื่อฟื้นฟูสภาพพื้นที่และพัฒนาคุณภาพชีวิตของราษฎรให้ดีขึ้น กองทัพบกเป็นหน่วยงานหนึ่งที่ได้รับสนองพระราชดำริ เข้าไปดำเนินงานในโครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง ประกอบกับในปี 2539 เป็นปีที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงครองสิริราชสมบัติเป็นปีที่ 50 ดังนั้นกองทัพบกจึงได้ร่วมกับพี่น้องประชาชน จัดทำโครงการก่อสร้าง “ อาคารพิพิธภัณฑ์เฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฉลองสิริราชสมบัติครบ 50 ปี เพื่อพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง “ ขึ้นที่จังหวัดนครศรีธรรมราชเพื่อถวายเป็นราชสักการะ เนื่องในวโรกาสพระราชพิธีกาญจนาภิเษก พุทธศักราช 2539 โดยมีวัตถุประสงค์ เพื่อเป็นอาคารพิพิธภัณฑ์เฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในวโรกาสที่ทรงครองราชย์ครบ 50 ปี ในวันที่ 9 มิถุนายน 2539 เพื่อใช้เป็นสถานที่ทรงงาน ในวโรกาสเสด็จพระราชดำเนินไปบริเวณที่ก่อสร้างประตูระบายน้ำปากพนัง และเพื่อเป็นอนุสรณ์ และเป็นอาคารพิพิธภัณฑ์ แสดงถึงวิวัฒนาการของพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง ความเป็นมาของโครงการพัฒนาพื้นที่ลุ่มน้ำปากพนัง อันเนื่องมาจากพระราชดำริ และแนวทางพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เพื่อพัฒนาลุ่มน้ำปากพนัง