ภายในพิพิธภัณฑ์เแบ่งออกเป็น 2 ส่วนคือ 1. พิพิธภัณฑ์พระเทพญาณโมลี ซึ่งจัดแสดงเกี่ยวกับประวัติ ผลงานและสิ่งของเครื่องใช้ของพระธรรมโมลี พระพุทธรูป เทวรูปปางต่างๆ พระพิมพ์ พระเครื่อง โบราณวัตถุที่สำคัญ เครื่องถ้วยจีน เครื่องถ้วยยุโรป เครื่องถ้วยไทย จีน เหรียญที่ระลึก เงินตราและธนบัตรต่างๆ เป็นต้น 2. พิพิธภัณฑ์คติชนวิทยา จัดแสดงเรื่องราวให้ความรู้และให้การศึกษาเฉพาะเรื่อง แบ่งเป็นส่วนๆได้แก่ เรื่องเรือนไทยมุสลิมในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เครื่องมือและเครื่องใช้พื้นบ้าน ศิลปการแสดงพื้นบ้าน โบราณวัตถุประเภทเครื่องมือเครื่องใช้ของมนุษย์สมัยก่อนประวัติศาสตร์ และจากแหล่งชุมชนสมัยแรกเริ่มประวัติศาสตร์เมืองโบราณยะรัง เครื่องถ้วย ความเชื่อพื้นถิ่นและเทคโนโลยี สำหรับการเข้าชมเป็นหมู่คณะหรือต้องการวิทยากรนำชมสามารถติดต่อล่วงหน้าได้ที่ งานบริการทางการศึกษา สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ปัตตานี อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี