อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะชุมพร ประกอบ ชายฝั่ง เป็นชายฝั่งที่ได้รับอิทธิพลจากน้ำทะเล และกระแสน้ำในทะเลโดยตรง ลักษณะทั่วไปจะเป็นชายหาดที่เป็นทรายจนถึงเป็นโคลน บริเวณด้านหลังชายหาด อาจพบป่าชายหาด (Beach forest) ได้บ้างในบริเวณที่ไม่มีการทำสวนมะพร้าว ชายฝั่งลักษณะนี้พบได้เป็นแนวยาวตลอดชายฝั่ง โดยในส่วนที่อยู่ในเขตอุทยานแห่งชาติ จะเริ่มจากอ่าวทุ่งมะขามน้อย อ่าวทุ่งมะขามใหญ่ อ่าวท้องตมใหญ่ หาดทรายรีสวี อ่าวมะม่วง อ่าวท้องตมน้อย หาดอรุโณทัย ชายฝั่งเกาะกระทะ และอ่าวท้องครก อ่าวและปากคลอง เป็นบริเวณหนึ่งของชายฝั่ง ที่ได้รับอิทธิพลจากการไหลลงของน้ำจืด อ่าวในที่นี้จึงหมายถึง อ่าวที่มีน้ำจืดไหลลงในปริมาณมากลักษณะโดยทั่วไปจะพบป่าชายเลน (Mangrove forest) ในบริเวณที่มีการขึ้นลงของน้ำ พื้นดินมักเป็นโคลนละเอียด โคลนจนถึงโคลนปนทราย ในบางบริเวณพบหญ้าทะเล (Sea grass) และสาหร่ายทะเล (Sea algae) เจริญเติบโตติดต่อกันเป็นผืนใหญ่ พื้นที่ส่วนใหญ่มักมีระดับน้ำตื้น บางบริเวณจะปรากฏเป็นสันดอนโคลน (Mud flat) ขนาดใหญ่ ซึ่งจะโผล่พ้นน้ำเวลาน้ำลงต่ำสุด ชายฝั่งลักษณะนี้ประกอบด้วยพื้นที่สำคัญที่สุดคืออ่าวทุ่งคา – สวี ซึ่งมีคลองที่มีน้ำจืดไหลลงมากกว่า 10 คลอง ปัจจุบันบริเวณดังกล่าว ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็น “พื้นที่ชุ่มน้ำนานาชาติ” นอกจากนี้ก็มีบริเวณปากคลองอื่น ๆ ที่มีน้ำจืดไหลลงทะเล เช่นคลองตม คลองบางหัก และคลองปากน้ำตะโก เป็นต้น บริเวณปากคลองจะพบสันดอนปากคลองซึ่งจะรูปร่างและขนาดของสันดอนแตกต่างกันออกไป เกาะ ที่ปรากฏในเขตอุทยานแห่งชาติมีทั้งสิ้น 40 เกาะ โดยส่วนใหญ่เป็นเกาะขนาดเล็ก มักปรากฏโพรงถ้ำเล็ก ๆ อยู่ทั่วไป เกาะที่มีขนาดใหญ่จะปรากฏชายหาดบริเวณชายฝั่งของเกาะ ซึ่งได้รับอิทธิพลของไอทะเล (Salt spray) จะปรากฏพันธ์ไม้ป่าชายหาด (Beach forest) ส่วนที่อยู่สูงขึ้นไปที่ไม่ได้รับอิทธิพลจากไอทะเล จะปรากฏพันธุ์ไม้ของป่าดิบชื้น (Moist evergreen forest) ส่วนเกาะที่มีขนาดเล็กมักเป็นพันธุ์ในสังคมพืชบนหน้าผา (Cliff Community) ที่มีลักษณะแคระแกร็น ส่วนที่อยู่ใต้น้ำ มักปรากฏแนวปะการัง (Coral reefs) ทางด้านตะวันตกของเกาะ ส่วนด้านตะวันออกที่ได้รับอิทธิพลจากกระแสน้ำ ที่พัดมาโดยมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือปรากฏเป็นปะการังที่เจริญบนหิน (Coral Community on rocks) ภูเขา ที่ปรากฏในเขตอุทยานแห่งชาติมักมีขนาดไม่ใหญ่และสูงมากนัก เป็นภูเขาที่อยู่ติดทะเลทั้งสิ้น พันธุ์ไม้ที่ปกคลุมเป็นพันธุ์ไม้ป่าดิบชื้น (Moist evergreen forest) เกือบทั้งหมด ยกเว้นบริเวณที่เป็นหน้าผา จะเป็นพันธุ์ไม้ในสังคมพืชบนหน้าผา (Cliff Community) ภูเขาที่ปรากฏในเขตอุทยานแห่งชาติมีดังนี้ เขาโพงพาง สูง 145 เมตร เขาบ่อคาสูง 180 เมตร เขาประจำเหียงสูง 240 เมตร และเขากะทะสูง 300 เมตร