โครงการท่องเที่ยวหมู่บ้านคลองเรือมีจุดเริ่มต้นเมื่อปี 2544 เมื่อคณะนักศึกษาคณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ไปออกค่ายพัฒนาชนบทที่หมู่บ้าน ช่วงเวลาหนึ่งในค่าย นักศึกษาบางส่วนได้สนทนากับชาวบ้านในชุมชนและมีความคิดริเริ่มร่วมถึงการทำการท่องเที่ยวเชิงนิเวศขึ้นในหมู่บ้าน หลังจากการออกค่ายเสร็จเส้นลง การทำงานร่วมกันระหว่างนักศึกษากับชาวบ้านจึงเริ่มขึ้นด้วยการสนับสนุนของThairauralnet และหน่วยจัดการต้นน้ำพะโต๊ะ ในระยะแรกของโครงการเน้นหนักไปที่การสำรวจทรัพยากรท่องเที่ยวในชุมชน และการสร้างกฏกติกาในการจัดการท่องเที่ยวที่ยั่งยืนและเป็นธรรม กลุ่มท่องเที่ยวบ้านคลองเรือใช้เวลาในขั้นตอนดังกล่าวอยู่ประมาณ 1 ปีจึงเริ่มดำเนินกิจกรรมท่องเที่ยวมาตั้งแต่เดือนกันยายน ปี 2546 โดยสาระสำคัญแล้วโครงการท่องเที่ยวที่จัดขึ้นโดยชุมชนหมู่บ้านคลองเรือก็คือ ส่วนหนึ่งของความพยายามในกรอบของโครงการ "คนอยู่ ป่ายัง" ที่ริเริ่มโดยคุณพงศา ชูแนมที่ต้องการให้ชุมชนและป่าอยู่รอดไปด้วยกัน เพื่อให้การอนุรักษ์ป่าเป็นไปอย่างยั่งยืน กิจกรรมท่องเที่ยวที่จัดขึ้นก็เป็นอีกรูปแบบหนึ่งของการที่ชาวบ้านใช้ประโยชน์จากทรัพยากรที่พวกเขาอนุรักษ์ไว้ เพื่อสร้างความมั่นคงให้กับชีวิตโดยให้มีผลกระทบต่อทรัพยากรน้อยที่สุด โครงการนี้นอกจากจะให้ประโยชน์ในแง่การอนุรักษ์ป่าและความเป็นอยู่ของชาวบ้านแล้ว นักท่องเที่ยวเองก็ได้ประโยชน์จากโครงการนี้เช่นกันเมื่อได้มีโอกาสท่องเที่ยวในรูปแบบที่จะได้สัมผัสกับวิถีชีวิตชุมชนอย่างแท้จริง นำไปสู่การแลกเปลี่ยนและเรียนรู้วัฒนธรรมของคนในต่างพื้นที่อันจะก่อให้เกิดความเข้าใจอันดีของคนในสังคมปัจจุบันกิจกรรมท่องเที่ยวในชุมชน (ตั้งแต่การรับส่งนักท่องเที่ยว ต้อนรับ นำเที่ยว และจัดหาที่พัก การจัดสรรรายได้ การประเมินผลและปรับปรุงคุณภาพการให้บริการ) จัดการโดยชาวบ้านสมาชิกกลุ่มท่องเที่ยวบ้านคลองเรือโดยทั้งหมด มีเพียงงานส่วนการประชาสัมพันธ์และการตลาดเท่านั้นที่ดำเนินการโดยกลุ่มอาสาสมัคร