ภารกิจหลัก รับปฏิบัติพิธีการศุลกากรและจัดเก็บภาษีอากรทุกประเภทแก่ของที่นำเข้า ส่งออก หน้าที่ในการป้องกัน และปราบปรามการลักลอบหลีกเลี่ยงหนีศุลกากร และปกป้องความปลอดภัยทางสังคม หน้าที่ในการอำนวยความสะดวกในการรับปฏิบัติพิธีการศุลกากร สำหรับรถยนต์ส่วนบุคคลและรถยนต์โดยสารต่างประเทศที่เดินทางเข้า ออก เพื่อการท่องเที่ยว ให้คำปรึกษาและส่งเสริมการส่งออกในส่วนที่เกี่ยวข้องกับ กฎหมายศุลกากร และกฎหมายอื่นๆที่เกี่ยวข้องกับการศุลกากร (ปฏิบัติหน้าที่ตามกฎหมายว่าด้วยศุลกากรและกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องอีกประมาณ 50 ฉบับ) ภารกิจที่ได้รับมอบหมายพิเศษ เป็นหน้าด่านหลักในการสนธิกับหน่วยราชการอื่นๆในการรักษาความมั่นคงของประเทศ ได้รับมอบอำนาจในการเจรจากับประเทศมาเลเซียในด้านศุลกากรเพื่อส่งเสริมการค้าและการท่องเที่ยวของทั้งสองประเทศ วิเคราะห์ตัวเลขทางเศรษฐกิจเพื่อให้จังหวัดสงขลาใช้ในการจัดทำยุทธศาสตร์ด้านการพัฒนาเศรษฐกิจและส่งเสริมการค้าชายแดน เป็นหน่วยงานหลักในคณะกรรมการชายแดนของกระทรวงกลาโหมในระดับพื้นที่และระดับประเทศ เป็นหน่วยงานหลักในการบริการเบ็ดเสร็จ ณ จุดเดียว (One Stop Service) โดยนายด่านศุลกากรเป็นผู้บริหารสูงสุด (Chief Executive Officer : CEO) ในระดับด่านศุลกากร ดำเนินโครงการสร้างด่านศุลกากรสะเดาแห่งใหม่