สืบเนื่องมาจากหลวงปู่ดู่ได้มรณภาพ เมื่อวันที่ 17 มกราคม 2533 ทางคณะศิษย์ได้ปรึกษาหารือกันที่จะสร้างพิพิธภัณฑ์ เพื่อเป็นอนุสรณ์สถานที่ท่านได้สร้างคุณงามความดี ตามแนวทางพระอริยะ พร้อมทั้งอบรมสั่งสอนพุทธศาสนิกชนทั่วไป ไม่เลือกชั้นวรรณะ อีกทั้งจะได้เก็บรวบรวมอัฐบริขาร อัฐิธาตุ และวัตถุมงคลต่าง ๆ ที่ท่านได้สร้างขึ้นไว้มากมาย เพื่อให้สานุศิษย์ทั่วไปได้ศึกษา โดยได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์ ใน วันอาทิตย์ที่ 20 สิงหาคม 2538 เวลา 11.09 น. โดยมีหลวงปู่เจี๊ยะ จุนโท เจ้าอาวาสวัดป่าภูริทัตตปฏิปทาราม อำเภอสามโคก จังหวัดปทุมธานี เป็นประธานพิธีวางศิลาฤกษ์ และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินเปิดพิพิธภัณฑ์ หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ อนุสรณ์ ณ วัดสะแก ตำบลธนู อำเภออุทัย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เมื่อวันที่ 19 กันยายน 2548 ภาพการก่อสร้างพิพิธภัณฑ์หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญประมวลภาพสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี เสด็จ ฯ เปิดพิพิธภัณฑ์หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ เมื่อวันที่ 19 กันยายน 2548 พื้นที่ว่างใช้เป็นที่สร้างพิพิธภัณฑ์หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญส่วนรากฐาน ชั้นใต้ดิน ใช้เป็นที่ปฏิบัติธรรม ภายในจัดแสดงตู้อัฐบริขาร รูปปั้นพระพุทธรูป รูปปั้นคณาจารย์ตู้แสดงพระบูชา พระเครื่อง แหวน เครื่องรางและเหรียญต่าง