สร้างขึ้นเพื่อให้เป็นสักขีพยานในการช่วยเหลือซึ่งกันและกันระหว่างกรุงศรีอยุธยา (สมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ) กับกรุงศรีสัตนาคนหุต (ปัจจุบันคือเวียงจันทน์ ประเทศลาว) กษัตริย์ทั้งสองพระองค์ทรงครองราชสมบัติ ตรงกับสมัยที่พม่าเรืองอำนาจ และมีการรุกรานดินแดนต่าง ๆ เพื่อขยายอำนาจ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิและพระเจ้าไชยเชษฐาธิราชจึงตกลงรวมกำลัง เพื่อต่อสู้กับพม่า จึงทรงกระทำสัตยาธิษฐานว่าจะไม่ล่วงล้ำดินแดนของกันและกัน และเพื่อเป็นที่ระลึกในการทำไมตรีต่อกัน จึงได้ร่วมกันสร้างพระธาตุศรีสองรักเพื่อเป็นสักขีพยาน ณ กึ่งกลางระหว่างแม่น้ำน่านและแม่น้ำโขง ซึ่งเป็นรอยต่อของทั้งสองราชอาณาจักร