ความเป็นมาของวัดแห่งนี้จากบทสัมภาษณ์ พระอาจารย์อว้าน เขมโกจากหนังสือบูรพาจารย์พอสรุปได้ว่า เดิมวัดแห่งนี้หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ได้รุกขมูลผ่านมาก่อน ต่อมาหลวงปู่มั่น ได้รุกขมูลมาตามเส้นทางของหลวงปู่เสาร์และแวะพักที่นี่ หลวงปู่มั่นเห็นว่าสถานที่นี้สัปปายะ ท่านจึงปรารภกับญาติโยมว่า "คิดจะสร้างเป็นวัด" จึงได้มีการยกที่ดินถวายท่าน และสร้างเสนาสนะแบบชั่วคราวพอได้อยู่อาศัย แล้วท่านจึงเดินธุดงค์ต่อไปทางภาคเหนือ ๑๒ ปี หลังจากนั้นท่านจึงมาจำพรรษาที่นี่เป็นครั้งที่ ๒ ในปี พ.ศ.๒๔๘๖ ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ ๒ ในครั้งนี้ชาวบ้านนามนได้สร้างกุฏิถวายองค์ท่าน รุ่งเช้าของวันที่ได้เริ่มต้นก่อสร้างปรากฏ หลวงปู่มั่นได้ชี้บอกโยมว่า "นั่นแหละ พญานาคทำรอยไว้ให้แล้ว" ชาวบ้านไปดูเป็นรอยกลมๆ จึงนำรอยนั้นเป็นหมายในการขุดหลุมตั้งเสากุฏิ ต่อมาเมื่อจะสร้างศาลาก็ปรากฏรอยนี้อีกจึงได้ลงเสาศาลาในลอยนั้นเช่นกัน ท่านจึงพูดกับโยมว่า "วัดนี้ชื่อว่าวัดป่านาคนิมิตต์" แต่ชาวบ้านนิยมเรียกว่า วัดป่าบ้านนามนตามชื่อหมู่บ้านนั้น ต่อมาเมื่อได้จดทะเบียนชื่อวัด จึงได้ใช้มงคลนามที่หลวงปู่มอบให้นี้เป็นชื่อวัด สถานที่นี้ยังเป็นที่กำเนิดบันทึกพระธรรมเทศนาที่สำคัญของหลวงปู่มั่น คือ " มุตโตทัย " ที่บันทึกครั้งแรก ณ วัดนี้ โดยพระอาจารย์วิริยังค์ ได้เล่าถึงความเป็นมาไว้ในบันทึกใต้สามัญสำนึก ประวัติของท่านดังนี้ " ... เพราะได้ฟังพระธรรมเทศนาของพระอาจารย์มั่นฯ แล้วไพเราะจริงๆ ทำให้ผู้เขียนนั่งกัมมัฏฐานได้รับความสงบใจตามที่ได้มาฟังธรรมของท่าน ซึ่งธรรมเทศนานั้นได้เกิดรสชาติที่ซาบซึ้งหาอะไรเปรียบไม่ได้อีกแล้ว ผู้เขียน ( พระอาจารย์วิริยังค์ ) คิดในใจว่า ทำไมจึงดีอย่างนี้ มันสุดแสนจะพรรณา ทำให้ผู้เขียนระลึกถึงคนอื่นๆ ต่อไปว่า เราจำเป็นที่จะต้องบันทึกธรรมเทศนาของท่านอาจารย์มั่นฯ ให้ได้ เพราะถ้าเราไม่บันทึก ต่อไปธรรมเทศนาอันวิเศษนี้ก็จะหายสูญไปอย่างน่าเสียดาย และธรรมเทศนาเช่นนี้จะพึงแสดงได้ก็แต่ท่านพระอาจารย์มั่นฯ เท่านั้น รูปอื้นถึงแสดงก็ไม่เหมือน จึงทำให้ผู้เขียนได้พยายามอย่างยิ่งที่จะเขียนบันทึกธรรมเทศนาของท่านให้ได้และก็เป็นผลสำเร็จขึ้นเป็นอันดับแรก เพราะยังไม่เคยมีใครบันทึกธรรมเทศนาของท่านเลยเป็นที่น่าสังเกต ท่านพระอาจารย์มั่นฯ ท่านไม่เคยยอมให้ใครบันทึกธรรมเทศนาของท่านโดยเป็นหนังสือเลย มีแต่จำกันใส่ใจเท่านั้น ถ้าใครจะบันทึกด้วยหนังสือจะต้องถูกท่านดุและประนาฌเอาทีเดียว แต่ผู่เขียนได้ขโมยเขียนและยอมทุกสิ่งทุกอย่างเพราะรักและชอบและเลื่อมใสสุดหัวใจแล้ว ท่านจะดุด่าประฌามผู้เขียนยอมทุกอย่าง ขออย่างเดียวให้ได้บันทึกธรรมเทศนาเพื่อประโยชน์แก่คนอื่นต่อไปภายหลังที่ไม่ได้ฟังจากท่าน แต่ได้อ่านในหนังสือเล่มนี้ ส่วนพระภิกษุสามเณรที่ไปอยู่กับท่านต่างก็กลัวเช่นนี้ จึงไม่มีใครกล้าจะเขียนธรรมเทศนาของท่าน จึงเป็นอันว่าผู้เขียนได้กล้าเสี่ยงอันตรายครั้งงสำคัญทีเดียวในการบันทึกธรรมเทศนา เรื่องนี้เกิดความสำเร็จแก่ผู้เขียนอย่างเต็มภาคภูมิ คือตลอดพรรษานี้ ผู้เขียนได้บันทึกเทศนาตลอดไตรมาส ซึ่งก็สำเร็จขึ้นเป็นเล่มในชื่อ " หนังสือ มุตโตทัย "