ภายหลังจากอยู่จำพรรษาในภาคเหนือเป็นเวลา ๑๒ ปีแล้ว หลวงปู่มั่น ภูริทัตตเถระได้เดินทางมาจำพรรษาที่วัดป่าโนนนิเวศน์ จังหวัดอุดรธานี ตามคำอาราธนาของท่านเจ้าคุณพระธรรมเจดีย์ ( จูม พนฺธุโล ) เป็นเวลา ๓ พรรษา แล้วจึงมาพำนักที่เสนาสนะป่าบ้านโคก ตรงที่เป็นบริเวณวัดร้างชายป่า ใกล้บ้านโคกในปี พ.ศ.๒๔๘๕ ในปัจจุบันคือที่ว่าการอำเภอโคกศรีสุพรรณ พระอาจารย์กงมา จิรปุญฺโญได้ทราบข่าวการจำพรรษาของหลวงปู่มั่นจึงเดินทางจากจันทบุรีเข้ามานมัสการหลวงปู่มั่น ซึ่งบ้านโคกแห่งนี้คือบ้านเดิมของพระอาจารย์กงมาเอง พระอาจารย์กงมาได้พยายามแนะนำชาวบ้านให้พากันเลื่อมใสในธรรม จนบรรดาญาติมิตรเดิมของท่านก็ได้พากันเลื่อมใสปฏิบัติธรรมกันมากขึ้นเป็นลำดับ เท่ากับท่านได้มาโปรดญาติโยมของท่านอีกด้วย ในระหว่างนี้พระอาจารย์กงมาได้พยายามวางรากฐานให้มีวัดป่าในแถบบ้านโคกนี้ ได้สร้างวัดใหม่อยู่ห่างจากที่เก่าประมาณ ๑ กิโลเมตร เนื่องจากที่เก่าอยู่ใกล้ทางสัญจรไปมาของผู้คน จึงไม่ค่อยสงบ เมื่อมาอยู่ที่ใหม่นี้ชาวบ้านจึงถวายที่ตั้งวัด ได้สร้างศาลาและกุฏิถวายหลวงปู่มั่น ตั้งชื่อสำนักสงฆ์นี้ว่า "วัดป่าวิสุทธิธรรม" เมื่อปลายปี พ.ศ.๒๔๘๕ เพื่อเป็นอนุสรณ์ที่หลวงปู่มั่นได้มาจำพรรษา ณ บ้านโคก อันเป็นบ้านเกิดของพระอาจารย์กงมา ส่วนหลวงปู่มั่นได้ไปจำพรรษาที่เสนาสนะป่าบ้านนามนซึ่งอยู่ห่างออกไปประมาณ 2 กิโลเมตรในปี พ.ศ. ๒๔๘๖ และต่อมาในปี พ.ศ. ๒๔๘๗ ท่านจึงได้มาจำพรรษาที่วัดป่าวิสุทธิธรรมตามที่พระอาจารย์กงมาได้อาราธนานิมนต์