ปัจจุบันเหลือเพียงเจดีย์ทรงดอกบัวตูมที่เป็นศิลปสุโขทัยเพียงองค์เดียวที่พบในพิษณุโลก เจดีย์มีฐานกว้างประมาณ 9 เมตร สูง 21 เมตร เฉพาะที่ยอดทรงดอกบัวตูมนั้น ได้เห็นรอยกระเทาะของปูนทำให้แลเห็นการเสริมยอดโดยการพอกปูนเพิ่มที่ยอดแหลมของดอกบัว วัดเจดีย์ทอง ไม่ปรากฏว่าสร้างในสมัยใด จากการพิจารณาพระเจดีย์ประธานของวัด ซึ่งเป็นทรงบัวตูมซึ่งเป็นสถาปัตยกรรมศิลปะสมัยสุโขทัยตอนปลาย สันนิษฐานว่า สร้างในรัชสมัยพระมหาธรรมราชาที่ ๑ (พระยาลิไท) คราวเสด็จมาครองเมืองพิษณุโลก 7 ปี ระหว่างปี พ.ศ. 1905 1912 และได้มีการบูรณะกันต่อมาตลอดสมัยสุโขทัย สมัยอยุธยา และสมัยรัตนโกสินทร์ พระเจดีย์ประธาน มีรูปทรงดอกบัวตูม เป็นสถาปัตยกรรมสมัยสุโขทัยที่ยังคงเหลืออยู่ใน จังหวัดพิษณุโลกเพียงองค์เดียวเท่านั้น พระวิหาร ตั้งอยู่บริเวณด้านหน้าของพระเจดีย์ประธานปัจจุบัน มีรูปทรงสี่เหลี่ยมผืนผ้า อยู่ในสภาพชำรุดทรุดโทรมมาก คงเหลือฐานขนาดกว้าง 9 เมตร ยาว 22 เมตร สูง 0.50 เมตร เท่านั้น