ประวัติของวัดเขียนไว้ พ.ศ. ๒๔๔๒ เมืองพะเยาได้เกิดการจลาจลเนื่องจากเกิดการเปลี่ยนแปลงการปกครองหัวเมืองในสมัยรัชการที่ ๕ ชาวพะเยาได้พากันหนีไปอยู่เมืองลำปาง หลังจากนั้น ประมาณ พ.ศ. ๒๔๔๗ จึงพากันกลับมาบูรณะบ้านเมืองดังเดิม พวกไทยใหญ่ที่มาด้วยครั้งนั้น ได้มาปฏิสังขรณ์วัดของตนเอง คือ วัดจองคำ ขึ้นมาใหม่ โดยมีจองมูกร๊ง จองส่งคำ จองส่งอ่อง จองกู่ ลุงลายคำ ลุงมา เป็นประธาน แล้วไปนิมนต์พระพม่าจากลำปาง นับแต่นั้นก็จะมีพระสายพม่า มหานิกายมาจำพรรษาอยู่ที่วัดจองคำตลอด ทำให้วัดนี้ได้กลายเป็นวัดไทยศิลปะพม่า และไทยใหญ่ ในท่ามกลางของชุมชนไทยใหญ่ที่มีวิถีชีวิตโดดเด่นเป็นของตนเอง วัดศรีจอมเรือง ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๑๓ กุมภาพันธ์ ๒๔๙๑ ปัจจุบันก็ยังได้นิมนต์พระพม่ามหานิกายมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส คือ พระครูสุจิณธรรมสาร