วัดขนอนเหนือไม่ปรากฏแน่ชัดว่าสร้างเมื่อใด สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา โดยมีคำบอกเล่าต่อกันมาว่า ผู้สร้างคือนายด่านใหญ่นาม พระยาสีหราชเดโช ให้ชื่อว่า “ วัดปทุมสิงขร ” ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2327 มีการสร้างวัดขนอนใต้ขึ้น จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น “ วัดปทุมสิงขร ขนอนเหนือ ” หรือเรียกสั้น ๆ ว่า “ วัดขนอนเหนือ ” วัดนี้ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาประมาณ พ.ศ. 2225 เมื่อเสียกรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. 2310 วัดนี้ทรุดโทรมลง พระภิกษุชื่อ คง ได้มาบูรณะใหม่ และคงมีการซ่อมแซมปฏิสังขรณ์อีกหลายครั้ง ด้วยมีจารึกหินอ่อนฝังที่ผนังหน้าอุโบสถว่า “ พระถุงเงินกับคณะสังฆนายก และกรรมการสัปบุรุษ ซ่อมเมื่อ พ.ศ. 2493 สำเร็จ พ.ศ. 2497 ” อีกทั้งจิตรกรรมฝาผนังภายในโบสถ์ก็เห็นร่องรอยการเขียนอยู่หลายสมัยเช่นกัน