แต่เดิมบริเวณที่ตั้งวัดเป็นเขตศูนย์กลางเมืองน่านในสมัยที่ย้ายเมืองจากพระบรมธาตุแช่แห้งมาตั้งอยู่ริมฝั่งตะวันตกของแม่น้ำน่าน เจดีย์สร้างด้วยศิลาแลงในสมัยพระนางจามเทวี ลักษณะคล้ายเจดีย์กู่กุด จังหวัดลำพูน เป็นทรงซุ้มสี่เหลี่ยมซ้อนกัน ๕ ชั้น แต่ละชั้นประดิษฐานพระพุทธรูปยืน