สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 1929 ในสมัยพญากือนา กษัตริย์องค์ที่ 6 แห่งอาณาจักรล้านนา ราชวงศ์มังราย พระองค์ทรงได้อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุองค์ใหญ่ ที่ได้ทรงเก็บไว้สักการบูชาส่วนพระองค์ถึง 13 ปี มาบรรจุไว้ที่นี่ ด้วยการทรงอธิษฐานเสี่ยงช้างมงคลเพื่อเสี่ยงทายสถานที่ประดิษฐาน พอช้างมงคลเดินมาถึงยอดดอยสุเทพ มันก็ร้องสามครั้ง พร้อมกับทำทักษิณาวัตรสามรอบ แล้วล้มลง พระองค์จึงโปรดเกล้าฯให้ขุดดินลึก 8 ศอก กว้าง 6 วา 3 ศอก หาแท่นหินใหญ่ 6 แท่น มาวางเป็นรูปหีบใหญ่ในหลุม แล้วอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุลงประดิษฐานไว้ จากนั้นถมด้วยหิน แล้วก่อพระเจดีย์สูง 5 วา ครอบบนนั้น ด้วยเหตุนี้จึงห้ามพุทธศาสนิกชนที่ไปนมัสการสวมรองเท้าใน บริเวณพระธาตุ และมิให้สตรีเข้าไปบริเวณนั้น ในปี พ.ศ. 2081 สมัยพระเมืองเกษเกล้า กษัตริย์องค์ที่ 12 ได้โปรดฯให้เสริมพระเจดีย์ให้สูงกว่าเดิม เป็นกว้าง 6 วา สูง 11 ศอก พร้อมทั้งให้ช่างนำทองคำทำเป็นรูปดอกบัวทองใส่บนยอดเจดีย์ และต่อมาเจ้าท้าวทรายคำ ราชโอรสได้ทรงให้ตีทองคำเป็นแผ่นติดที่พระบรมธาตุ ในปี พ.ศ. 2100 พระมหาญาณมงคลโพธิ์ วัดอโศการาม เมืองลำพูนได้สร้างบันไดนาคหลวงทั้ง 2 ข้าง เพื่อให้ประชาชนขึ้นไปสักการะได้สะดวกขึ้น และกระทั่งถึงสมัยครูบาศรีวิชัย ท่านได้สร้างถนนขึ้นไป โดยถนนที่สร้างนี้มีความยาวถึง 11.53 กิโลเมตร