ประวัติความเป็นมาเดิมชื่อว่า วัดป่าละเมาะ เพราะตั้งอยู่บนเกาะเต็มไปด้วยป่าละเมาะป่าไม้ ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นวัดท่านี้ เพราะมีท่าเรือข้ามฟากไปมาค้าขายจุดที่สำคัญระหว่างคลองแม่รำพันจากด้านเหนือคือ เมืองเชลียงและต่อมาเปลี่ยนเป็น " วัดธานี " ตามชื่อหมู่บ้าน จนต่อมาในสมัยพระราชธานีมาเป็นเจ้าเมืองสุโขทัยได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดธานี แล้วจึงเปลี่ยนชื่อว่า "วัดราชธานี" สืบมาจนปัจจุบัน วัดราชธานีเมื่อประมาณ ๗๐ ปีก่อน ทางราชการ พ่อค้า ประชาชนถือว่าเป็นวัดสำคัญวัดหนึ่งทางราชการได้อาศัยประกอบรัฐพิธี ที่สำคัญ เช่น พิธีถือน้ำพิพัฒนสัตยา อีกทั้งเป็นวัดที่ตั้งอยู่ใจกลาง มีอุโบสถวิหารศาลาการเปรียญ พิพิธภัณฑสถาน ศาลาวัด นอกจากจะใช้บำเพ็ญกุศลแล้วยังใช้เป็นสถานศึกษา เป็นสถานที่เรียนหนังสือของเด็กชั้นประถมศึกษาแห่งแรกในเมืองสุโขทัย และโรงเรียนมัธยมศึกษาสตรีประจำจังหวัดเคยตั้งอยู่ และที่สำคัญคือ ชาวเมืองจะให้ความเคารพนับถือพระพุทธรูปประธานของวัดว่า ศักดิ์สิทธิ์เป็นอย่างยิ่ง เรียกว่า หลวงพ่อเป๋า หลวงพ่อเป่า หรือหลวงพ่อเป๋า คือพระพุทธรูปศักสิทธิ์ประจำวัดราชธานี เป็นพระพุทธรูปที่มีลักษณะพิเศษ คือ ที่พีโอษฐ์ของท่านจะมีลักษณะอาการเหมือนกำลังเป่า คือ เสกเป่าความชั่วร้าย อันตราย โรคภัย ไข้เจ็บ เพี้ยง...หาย...ดังนี้ ประชาชนจึงเรียกว่า หลวงพ่อเป่า แต่สำเนียงท้องถิ่นสุโขทัยออกเสียงเป็น "เป๋า" ผู้นับถือจึงมาบนบานเมื่อสำเร็จประสงค์แล้ว ก็แก้บนโดย ผลไม้ ขนมหม้อแกง ไม่นิยมแก้ด้วย หัวหมู เป็ด ไก่ กุ้ง พร่า ปลา ยำ ของสดคาว เหมือนพระหรือเทพองค์อื่น สิ่งที่น่าอัศจรรย์ก็คือ หลวงพ่อเป๋าชอบสูบบุหรี่ ใครบนด้วยบุหรี่ต้องแก้บนโดยจุดบุหรี่ใส่พระโอษฐ์ให้หลวงพ่อเป๋าสูบจนหมดมวนโดยไม่ดับ ครั้งรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้า (ร.4) เคยพระราชทานผ้ากฐินมอบให้วัดราชธานี ครั้งหนึ่งในวันที่อาทิตย์ที่ 2 มีนาคม 2501 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯและสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ เคยเสด็จ เพื่อทรงเยี่ยม ท่านเจ้าคุณโบราณวัตถาจารย์ (อดีตเจ้าคณะจังหวัดสุโขทัย) เป็นการส่วนพระองค์