อุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกินครอบคลุมพื้นที่เทือกเขาสูงตอนปลายแห่งทิวเขาหลวงพระบาง ซึ่งทอดตัวยาวต่อเนื่องไปจนถึงเขตแดนประเทศลาว สภาพธรรมชาติยังอุดมด้วยผืนป่าสมบูรณ์ ถ้ำขนาดใหญ่ น้ำตกงดงาม และจุดชมทะเลหมอก อุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกินมีพื้นที่ทั้งหมด 156,187 ไร่ หรือ 249.90 ตารางกิโลเมตร อยู่ในท้องที่อำเภอสองแคว จังหวัดน่าน และอำเภอเชียงคำ อำเภอปง จังหวัดพะเยา