ก่อตั้งขึ้นเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ ปี พ.ศ. 2526 ตามพระราช ดำรัสของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เพื่อช่วยเหลือชาวเขาเผ่ากะเหรี่ยงและม้ง โดยสร้างอาชีพทดแทน การปลูกฝิ่น และทำไร่เลื่อนลอย มีชีวิตความ เป็นอยู่ที่ดีขึ้น คลอบคลุมพื้นที่เกษตรหมู่บ้าน เริ่มดำเนินงานเมื่อปี พ.ศ. 2527 ตามพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เพื่อให้ราษฎรมีความเป็นอยู่ที่ดีขึ้น โดยการส่งเสริมปลูกพืชเขตหนาวทดแทนการทำไร่เลื่อนลอย และเพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตของคนในชุมชนให้เกิดการพึ่งพาตนเอง ตลอดจนพื้นฟูและอนุรักษ์สภาพแวดล้อมให้มีความอุดมสมบูรณ์ ปัจจุบันศูนย์พัฒนาโครงการหลวงขุนแปะ ได้จัดทำแปลงทดสอบสาธิตและส่งเสริมเกษตรกรในการเพาะปลูกพืชผัก ไม้ผล กาแฟ ภายใต้ระบบการเพาะปลูกมาตรฐานอาหารปลอดภัย ได้แก่ ระบบมาตรฐานการเพาะปลูกที่ดี (GAP) สร้างรายได้ที่มั่นคงและความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นแก่เกษตรกร นอกจากนี้ยังสนับสนุนและส่งเสริมกระบวนการมีส่วนร่วมของชุมชน โดยการจัดกิจกรรมและพัฒนาด้านการศึกษา สังคม สิ่งแวดล้อม และสาธารณสุข สามารถพัฒนาคุณภาพชีวิตของคนในชุมชนให้เข้มแข็ง และยังมีการส่งเสริมการปลูกป่าชาวบ้านตามแนวพระราชดำริป่า 3 อย่าง ประโยชน์ 4 อย่าง การอนุรักษ์ดินและน้ำด้วยการปลูกหญ้าแฝก รณรงค์การลดการใช้สารเคมี และเฝ้าระวังการปนเปื้อนมลพิษในสิ่งแวดล้อม ตลอดจนเป็นศูนย์เรียนรู้ด้านการเกษตรที่สูงแก่นักเรียน นักศึกษา เกษตรกร และผู้สนใจทั่วไป