วัดบางสะแกเป็นวัดโบราณ สร้างขึ้นสมัยกรุงศรีอยุธยา ไม่ทราบว่าใครเป็นผู้สร้าง เป็นวัดร้างมาประมาณ 200 ปีเศษ สมัยกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่า (พ.ศ.2310) เหลือแต่วิหารหลังเดียว มีหลักฐานว่าพวกพม่าได้งัดเอาเพดานวิหารวัดบางสะแกนอกไปใช้ ต่อมาขุนวิสูตรโยธามาตย์ภักดี บ้านอยู่ริ่มคลองบางสะแกน้อย ได้มาสร้างวัดให้ใหม่ทั้งหมด ได้สร้างอุโบสถ วิหาร ศาลาการเปรียญ กุฏิสงฆ์ จึงมีพระจำพรรษา ตั้งแต่นั้นมา ในสมัยรัชกาลที่ 4 เจ้าคณะจังหวัด คือ ท่านเจ้าคุณวินัยธรรม (บัว) ได้ส่ง พระครูวิมลเกียรติมุนี (เกลี้ยง) มาเป็นเจ้าอาวาส วัดนี้จังได้เจริญขึ้นอย่างมั่นคง เพราะท่านได้เป็นเจ้าคณะแขวงเมืองราชบุรีด้วย เมื่อวันที่ 24 พฤศจิกายน พ.ศ.2458 สมัยพระอธิการดำเป็นเจ้าอาวาส สมเด็จพระมหาสมณะเจ้ากรมพระยาวชิรญาณวโรรส เสด็จมาตรวจคณะสงฆ์ในมณฑลราชบุรีได้เสด็จมาทอดพระเนตร มีความเจริญเป็นปึกแผ่นมาจนทุกวันนี้ ด้วยความสามารถของเจ้าอาสาสองค์ต่อๆ มา ได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดตลอดมา รวมทั้งพุทธศาสนิชนที่มีความเลื่อมใสศรัทธาหลายท่าน หลายครอบครัวได้ร่วมใจกันก่อสร้าง และปฏิสังขรณ์ศาสนสถานให้แก่วัดจำนวนมาก ตั้งแต่ พ.ศ.2462 มาจนทุกวันนี้ และได้ร่วมใจกันสนับสนุนทางวัดในการก่อสร้างอุโบสถใหม่ อยู่บนพื้นที่อุโบสถเดิม ศาลาการเปรียญ กุฏิเจ้าอาวาส โรงเรียนสอนปริยัติธรรม โรงเรียนประถมศึกษา ศาลาท่าน้ำ สะพานข้ามคลองบางสะแกใหญ่ ตลอดจนสร้างถนนในบริเวณวัดอีกหลายสาย ซึ่งประจักษ์แก่สายตามาจนทุกวันนี้ วัดนี้ขออนุญาตตั้งเป็นวัดเมื่อ พ.ศ. 2323 และได้รับวิสุงคามสีมา พ.ศ.2323 ปีเดียวกัน ตั้งอยู่ที่บ้านบางสะแก หมู่ที่6 ตำบลยางสะแก ริมฝั่งตะวันตกของคลองแควอ้อม ปากคลองบางสะแกใหญ่ อำเภอบางคนที จังหวัดสมุทรสงคราม