วัดอโยธยา มีโบราณสถานสำคัญคือพระเจดีย์ขนาดใหญ่ ลักษณะเป็นเจดีย์แปดเหลี่ยม ชั้นล่างสุดเป็นฐานสูงในผังสี่เหลี่ยม เหนือขึ้นไปเป็นชุดฐานบัวในผังแปดเหลี่ยมลักษณะค่อนข้างเตี้ย รองรับองค์ระฆังขนาดใหญ่ รอบองค์ระฆังประดับปูนปั้นเป็นรูปกลีบบัวโดยรอบ สันนิษฐานว่าคงเป็นงานประดับเพิ่มในภายหลัง ส่วนเหนือองค์ระฆังขึ้นไปหักหายไปแล้ว จากรูปแบบที่ปรากฎนี้ทำให้สันนิษฐานได้ว่า เจดีย์องค์นี้น่าจะสร้างขึ้นในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้น และน่าจะมีการบูรณะเพิ่มเติมมาโดยตลอด