ลักษณะของแหล่งโบราณคดีบ้านคลองบอน เป็นที่ราบเนินเขา รูปร่างพื้นผิวดินเป็นลูกคลื่นลอนลาด มีภูเขาล้อมรอบทั้งสี่ด้าน มีลำน้ำธรรมชาติขนาดใหญ่ (แต่มีน้ำไหลไม่ตลอดปี) ขนาบอยู่สองข้าง ทางทิศตะวันออกมีคลองบอน อยู่ห่างจากแหล่งโบราณคดีประมาณ 500 หลา ทางทิศตะวันตกมี