น้ำตกบ่อทองอยู่ในพื้นที่เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าเขาอ่างฤาไน เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มป่าตะวันออก หรือกลุ่มป่ารอยต่อ ๕ จังหวัดภาคตะวันออก คือ ฉะเชิงเทรา ชลบุรี ระยอง จันทบุรี และสระแก้ว สถาพป่าของเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าเขาอ่างฤาไนในปัจจุบันเป็นป่าดิบแล้งกว่า ร้อย