อุทยานวิทยาศาสตร์พระจอมเกล้า ณ หว้ากอ ตั้งอยู่ริมอ่าวหว้ากอ ในตำบลคลองวาฬซึ่งห่างจากตัวเมืองประจวบศีรีขันธ์ ไปทางทิศใต้ราว 12 กิโลเมตร มีอาณาเขตรวมเนื้อที่ทั้งหมด 485 ไร่1 งาน 56.2 ตารางวา พื้นที่ด้านตะวันออกถูกขนาบด้วยทะเลฝั่งอ่าวไทย มีทิวสนทะเลขึ้นตลอดแนวชายหาด สภาพพื้นที่โดยทั่วไปเป็นที่ราบ ดินร่วนปนทราย ในอดีต หว้ากอ เป็นเพียงชื่อหมู่บ้านเล็กๆ ในตำบลคลองวาฬซึ่งเคยเป็นสถานที่ที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 4 ได้ทรงคำนวณไว้ว่าจะเกิดสุริยุปราคาเต็มดวง และเราสามารถมองเห็นได้ชัดเจนจากที่แห่งนี้ ในวันที่ 18 สิงหาคม 2411 ทั้งยังเสด็จพระราชดำเนินมาทอดพระเนตรสุริยุปราคา ณ ที่แห่งนี้พร้อมพระราชโอรส พระราชธิดา และข้าราชบริพาร ตลอดจนทรงมีพระกรุณาโปรดเกล้าให้ชาวต่างชาติได้มีโอกาสร่วมชมปรากฎการณ์ครั้งนี้ด้วย ต่อมาในปี พ.ศ.2536 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งเป็นสถานศึกษา เพื่อเทิดพระเกียรติองค์พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและสนองนโยบายการกระจายโอกาสในการเรียนรู้ด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีดาราศาสตร์ อวกาศ และสิ่งแวดล้อม แก่นักเรียน นักศึกษา เยาวชน และประชาชนทั่วประเทศ