หมู่บ้านญี่ปุ่น เคยเป็นชุมชนที่อยู่อาศัยของชาวญี่ปุ่นที่อพยพเข้ามามาในสมัยกรุงศรีอยุธยา และได้รับพระมหากรุณาธิคุณพระราชทานที่ดินให้ตั้งหมู่บ้าน อยู่ในบริเวณรอบนอกเกาะเมืองเหมือนชุมชนชาติอื่น โดยมีที่ตั้งอยู่ฝั่งตรงข้ามแม่น้ำกับหมู่บ้านชาวโปรตุเกส โดยในยุคสมัยนั้นมีบุคคลที่มีชื่อเสียง อย่าง นากามาซา ยามาดา ผู้นำชุมชน และเป็นที่โปรดปรานของสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม เมีบทบาทในการเชื่อมสัมพันธ์ทางการค้าระหว่างไทยและญี่ปุ่น จนได้รับแต่งตั้งเป็นออกญาเสนาภิมุข และแต่งตั้งให้เป็นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชตามลำดับ นอกจากนี้ก็ยังมี ท้าวทองกีบม้า หัวหน้าพนักงานวิเสทกลาง (ครัว) ดูแลของหวานแบบเทศ เป็นผู้นำของหวานโปรตุเกสมาเผยแพร่ในกรุงสยาม อย่าง ทองหยิบ ทองหยอด ฝอยทองนั่นเอง ปัจจุบันหมู่บ้านญี่ปุ่น ได้จัดให้มีอาคารจัดแสดงเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างอยุธยากับต่างประเทศ และเป็นส่วนหนึ่งของศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา เพื่อรำลึกถึงชาวญี่ปุ่นผู้มีบทบาทสำคัญ และมีความจงรักภักดีต่อราชสำนักสมัยกรุงศรีอยุธยา และเป็นอนุสรณ์แห่งหมู่บ้านญี่ปุ่นเดิม และยังมีชุดกิโมโน และยูคาตะ ให้นักท่องเที่ยวได้เช่าใส่ถ่ายภาพเพื่อให้เข้ากับบรรยากาศสถานที่ด้วย