อาจารย์ไพฑูรย์ ขาวมาลา ผู้มีจิตวิญญาณที่ผูกพันกับสายน้ำและเรือมาตั้งแต่วัยเด็กเป็นผู้ก่อตั้งสถานที่แห่งนี้ เมื่อปีพ.ศ. ๒๕๓๗ อีกทั้งยังได้เป็นอาจารย์ผู้สอน วิชาออกแบบ เขียนแบบ และการต่อเรือ มาโดยตลอดชีวิตที่รับราชการ ณ โรงเรียนช่างต่อเรือ ( ปัจจุบัน คือ วิทยาลัยเทคโนโลยีและอุตสาหกรรมต่อเรือ) ท่านได้เล็งเห็นว่าในอนาคตการคมนาคมทางเรือน่าจะมีความจำเป็นน้อยลงและเป็นไปได้ที่ไม้ซึ่งเป็นวัสดุหลักในการต่อเรือจะหมดไปทำให้คนรุ่นหลังจะไม่รู้จักเรือไทย และเรือพื้นบ้าน อาจารย์จึงได้ก่อตั้งพิพิธภัณฑ์เรือไทยขึ้น ณ บ้านพักในยุคแรก เพื่ออนุรักษ์และเป็นแหล่งเรียนรู้ เรื่องเรือไทย ให้กับนักเรียน นักศึกษา ประชาชนทั้งชาวไทยและชาวต่างชาติที่ให้ความสนใจ โดยอาจารย์ได้เสียสละเงินบำนาญส่วนตัว มาก่อสร้างบริเวณบ้านพักเพิ่มเติมให้เป็นพิพิธภัณฑ์เรือไทย นอกจากนี้ ท่านยังได้เขียนหนังสือ “เรือไทย” ขึ้นหนึ่งชุด เป็นจำนวน ๔ เล่ม เพื่อการเรียนรู้เกี่ยวกับเรือไทยประเภทต่างๆ ตามวัตถุประสงค์ที่จะให้พิพิธภัณฑ์เรือไทย เป็น “แหล่งเรียนรู้เรื่องเรือไทย” “The Center for Thai Boat Knowledge” อย่างแท้จริง