"วัดมหาบุศย์ เป็นวัดโบราณ สร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เมื่อประมาณ พ.ศ. 2305 ก่อนเสียกรุงเก่าพม่า 5 ปี เล่ากันว่าเดิมชื่อ ""วัดสามบุตร""กล่าวคือ บุตรชาย สามคนพี่น้องร่วมกันสร้างขั้น และเข้าใจว่าเสนาสนะสิ่งก่อสร้างในวัดในขณะนั้นคงจะเป็นเครื่องไม้เสียเป็นส่วนมาก ซึ่งเป็นวัสดุที่ไม่คงทนครั้งกาลต่อมามีสภาพเป็นวัดร้าง ต่อมาเมื่อพระมหาบุตร เปรียญ 5 ประโยค สำนักวัดเลียบ (ต่อมาในรัชกาลที่ 1 พระราชทานนามใหม่ว่า ""วัดราชบุรณะ"") กรุงเทพมหานคร ได้มาเยี่ยมญาติโยมของท่านซึ่งมีภูมิลำเนาอยู่ในลำคลองพระโขนง ในเวลานั้น บรรดาชาวบ้านพระโขนงจึงได้พร้อมใจกันนิมนต์ให้ท่านอยู่วัดสามบุตร เพื่อช่วยเป็นผู้นำในการบูรณะวัดสามบุตรหรือจะเรียกว่าสร้างวัดใหม่ทั้งวัดก็น่าจะได้ เมื่อการสร้างหรือการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดเสร็จเรียบร้อยแล้ว ชาวบ้านจึงเปลี่ยน นามวัดใหม่จาก ""วัดสามบุตรเป็นวัดมหาบุตร"" ตามนามของพระมหาบุตร ภายหลังได้เปลี่ยนแปลงไปตามความเจริญของภาษาไทย จึงได้เขียนชื่อวัดเป็นทางราชการว่า วัดมหาบุศย์ ดังที่เห็นและใช้อยู่ตราบจนในปัจจุบัน แต่ยังมีประชาชนนิยมเรียกอีกนาม หนึ่งว่า ""วัดแม่นาคพระโขนง""ทั้งนี้เห็นจะเป็นด้วยอิทธิพลของวรรณกรรมเรื่อง นาคพระโขนง"