"สถานีรถไฟธนบุรี เรียกอีกชื่อว่า ""สถานีรถไฟบางกอกน้อย"" สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 5 เมื่อ พ.ศ.2443 บริเวณปากคลองบางกอกน้อยซึ่งเป็นที่ดินเวนคืนจากชาวมุสลิมโดยพระองค์ได้พระราชทานที่ดินฝั่งตรงกันข้าม พร้อมกับสร้างมัสยิด ""อันซอริซซุนนะห์"" (มัสยิดหลวง) ให้เป็นการทดแทน พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จเปิด ""สถานีรถไฟธนบุรี"" ในวันที่ 19 มิถุนายน 2446เปิดเดินรถวันที่ 1 เมษายน 2446 บริเวณริมคลองบางกอกน้อย อันเป็นเส้นทางสู่ภาคใต้และภาคตะวันตกของประเทศทำให้บริเวณดังกล่าวเป็นศูนย์รวมของผู้คนที่จะเดินทางออกจากเมืองหลวง โดยอาศัยเรือข้ามฟากแม่น้ำเจ้าพระยา ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ญี่ปุ่นได้ใช้สถานีรถไฟเป็นฐานที่มั่นสำหรับขนส่งยุทธปัจจัยไปจังหวัดกาญจนบุรีและเป็นแหล่งบัญชาการสงครามในภูมิภาคนี้เพื่อโจมตีพม่า มาเลเซียและสิงคโปร์ ญี่ปุ่นอาศัยรถไฟเป็นเส้นทางลำเลียงของกองทัพ สถานีรถไฟธนบุรีจึงเป็นจุดยุทธศาสตร์ใน การโจมตีของฝ่ายสัมพันธมิตร จึงถูกฝ่ายสัมพันธมิตรทิ้งระเบิดจนอาคารต่างๆ ถูกทำลายหมดสิ้น ต่อมาในสมัยจอมพล ป. พิบูลสงครามเป็นนายกรัฐมนตรี ได้ทำการปรับปรุงขึ้นใหม่ โดยคงรูปแบบเดิมไว้และให้มีการเดินรถไฟ จากสถานีไปยัง สมุทรสาคร นครปฐม หัวหิน และกาญจนบุรีตัวอาคารสถานีปัจจุบันได้สร้างเสร็จเมื่อ ปีพ.ศ. 2493"