เขาพระพุทธบาทน้อย เป็นภูเขาหินปูนที่สลับซับซ้อน ประกอบด้วย หินดินดาน หินทราย และหินเชิร์ด มีอายุประมาณ 270 ล้านปี เป็นแหล่งต้นน้ำลำธารที่ดูดซับน้ำฝนลงสู่ใต้ดิน บริเวณหินปูนจะมีแหล่งน้ำซับหลายแห่ง มีพันธุ์ไม้โบราณประจำถิ่นหลายชนิด เช่น ปรงยักษ์ จันผา จันแดง มะยมผา กล้วยไม้ป่า รองเท้านารี บุกม่วง ต้นเข้าพรรษาดอกขาว มีสัตว์เลื้อยคลานชนิดใหม่ของโลกที่พบในประเทศไทย เช่น จิ้งจกดิน ตุ๊กแกตาเขียว ตุ๊กกายหางขาว ตุ๊กกายเขาวง ตุ๊กกายลายเสือ หอยทากจิ๋ว นกจู๋เต้นเขาปูนพันธุ์สระบุรี นกประจำถิ่นที่กำลังสูญพันธุ์ นอกจากนั้นยังเป็นแหล่งที่พบสัตว์น้ำชนิดใหม่ของโลกเรียกว่า “แมงกระดานถ้ำโมงนาที” (Stanacellus mongnatei) และเป็นที่อยู่ของเลียงผา สัตว์ป่าคุ้มครองที่หายากในเขาหินปูน